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厌氧培养箱的使用过程其实就是2步：操作室厌氧环境形成和菌种的置入和培养，但每一步都需要很多的小步骤去完成，下面让我们一起来看一下。
　　一、操作室厌氧环境形成：
　　按使用要求放置好必要的配件和器具，并向操作室内放入两个五毒塑料袋。打开设备后配，电源开关后，按控制牌上的总电源键，使设备通电。先用橡皮管插入操作室内进气口，另一个插入塑料袋，接通氮气进气路，打开厌氧培养箱操作室氮气控制阀，使两只塑料袋充足氮气后，关闭电磁阀，然后扎紧袋口，把乳胶手套套在观察板法兰圈上并扎紧，把塑料袋内氮气渐渐的放于操作室内，至全部防除。厌氧培养箱操作室内打开钯粒除氧剂，接通除氧催化器电源进行催化除氧，并在厌氧指示条反应区上滴一点洁净水，1-2小时后，观察其变况，反应部分深蓝色变为浅蓝为操作室内达到厌氧环境。
二、菌种的置入和培养：
　　检查厌氧培养箱取样室内门有没有关紧，打开取样室外门，将菌种放入取样室后即关上外门，取样室充氮置换叁次过程，然后打开取样室氧气阀进气，使指针回复零位，关掉阀门。厌氧培养箱需要长期连续使用的条件，每天在操作室内放入指示条观察，如不能正常就必须重新换气，要长期连续输入微量的混合气体，使补进的氮气能和微量的氮结合通过催化吸收，保证了室内厌氧状态，补入混合气流量选定为每分钟10毫升左右，连续培养运行一天，更换一次除氧剂和干燥剂。